Grundlage der Leistungsabrechnung in Krankenhäusern ist die diagnosebasierte Fallpauschale. Seit 2004 wird bundesweit nach der DRG („Diagnosis Related Groups“) abgerechnet, womit sich die Höhe des Krankenhausentgeltes nach der Art und dem Schweregrad der diagnostizierten Krankheit richtet. Diese Regelung gilt sowohl für gesetzlich Versicherte als auch Privatpatienten.
Im Rahmen der DRG werden viele Diagnosen zu einzelnen Abrechnungspositionen mit einem vergleichbaren ökonomischen Aufwand zusammengefasst. Zur Bestimmung der Positionen werden sogenannte Leistungsbezeichner herangezogen. Diese sind die verschiedenen medizinischen Diagnosen (allgemeine Krankheitsbilder) und diverse Schlüsselsysteme zur Pauschalabrechnung im Einzelfall, die auf den Kriterien wie z.B. Alter, Geschlecht, Geburtsgewicht und Entlassungsstatus basieren. Die sich daraus ergebenen Behandlungs-Fallgruppen können von Krankenhäusern dann pauschaliert gemäß Fallpauschalen-Katalog (FPK) abgerechnet werden.
Ausgenommen von der Abrechnung nach DRG sind alle psychiatrischen und psychosomatischen Einrichtungen, denn diese rechnen seit der Umstellung auf PEPP in 2019 die Tagesentgelte als leistungsorientierte Pauschale ab.
Ebenfalls wird die ausdrücklich erwünschte Chefarztbehandlung, wenn diese medizinisch auch von einem anderen Arzt durchgeführt werden könnte, gesondert als Wahlleistung abgerechnet und kommt für den Patienten zu den normalen Krankenhauskosten hinzu. Das gleiche gilt für den Wunsch eines Einzelzimmers.